قام فريق بحثي من معاهد Hefei للعلوم الفيزيائية التابعة للأكاديمية الصينية للعلوم (CAS) بتطوير منصة خدمة تحليل تسمى CRISPRimmunity ، والتي كانت خادم ويب تفاعلي لتحديد الأحداث الجزيئية المهمة المتعلقة بـ CRISPR ومنظمي أنظمة تحرير الجينوم. تم نشر الدراسة في بحوث الأحماض النووية.
تم تصميم منصة CRISPRimmunity الجديدة للتحليل المتكامل والتنبؤ لأنظمة CRISPR-Cas وأنظمة anti-CRISPR. يتضمن قواعد بيانات مخصصة مع التعليقات التوضيحية للبروتينات المضادة لـ CRISPR المعروفة ، والبروتينات المرتبطة بـ Anti-CRISPR ، وأنظمة الفئة II CRISPR-Cas ، وأنواع مصفوفة CRISPR ، والمجالات الهيكلية لـ HTH والعناصر الوراثية المتنقلة. تسمح هذه الموارد بدراسة الأحداث الجزيئية في التطور المشترك لأنظمة CRISPR-Cas وأنظمة مكافحة CRISPR.
لتحسين دقة التنبؤ ، استخدم الباحثون استراتيجيات مثل تحليل التماثل وتحليل الارتباط والاستهداف الذاتي في مناطق النبضة للتنبؤ بالبروتينات المضادة لـ CRISPR. عند اختبارها على بيانات من 99 Acrs تم التحقق من صحتها تجريبياً و 676 non-Acrs ، حققت CRISPRimmunity دقة قدرها 0.997 لمكافحة CRISPR بروتين تنبؤ.
بالإضافة إلى ذلك ، قدمت المنصة أول خوارزمية للتنبؤ من البداية لأنظمة CRISPR-Cas من الفئة الثانية ، حددت العديد من البروتينات غير المعروفة سابقًا. وشملت هذه أربعة Cas9s مع مجالات هيكلية مختلفة PAM ، و Cpf1 أصغر ، و 61 C2c10s وثلاثة بروتينات جديدة غير مصنفة من النوع V Cas. تم بالفعل التحقق من صحة بعض هذه البروتينات تجريبياً من أجل نشاطها في المختبر.
وفقًا للفريق ، تتمتع CRISPRimmunity بالعديد من المزايا. إنه سهل الاستخدام قاعدة بيانات للانترنت التي توفر منصة تحليل شاملة للبحوث المتعلقة بكريسبر. يتنبأ بدقة بالبروتينات المضادة لـ CRISPR ويحدد مواقع CRISPR-Cas الجديدة من الفئة الثانية ، مما يوفر منظورًا تطوريًا لأنظمة CRISPR-Cas وأنظمة Anti-CRISPR. على عكس الموارد الأخرى التي تركز على مجالات محددة فقط ، تملأ CRISPRimmunity الفجوة من خلال توفير طرق لتحديد أنظمة CRISPR-Cas الجديدة من الفئة الثانية.
توفر الواجهة سهلة الاستخدام العديد من خيارات التصور والتخصيص ، مع نتائج قابلة للقراءة آليًا وبرامج تعليمية للمستخدمين من جميع المستويات. توفر قاعدة بيانات NCBI الوصول إلى البيانات المشروحة عن 18408 بكتيريا متسلسلة بالكامل و 235 بكتيريا تحتوي على أكر ، و 208209 كائنات دقيقة في الأمعاء البشرية ، بما في ذلك معلومات عن الأحداث الجزيئية الرئيسية المرتبطة بـ CRISPR.
يمكن للمستخدمين تنزيل أو عرض هذه البيانات للمساعدة في تصميم التجارب وتحليل البيانات في المستقبل. أيضا من أجل علماء الأحياء الحاسوبية، إصدار مستقل من CRISPRimmunity متاح على Github لاستخراج البيانات بالجملة.
معلومات اكثر:Fengxia Zhou وآخرون ، CRISPRimmunity: خادم ويب تفاعلي للأحداث الجزيئية المهمة والمعدِّلات المرتبطة بـ CRISPR المستخدمة في تحديد أداة تحرير geNome بحوث الأحماض النووية (2023). DOI: 10.1093 / nar / gkad425
منصة: www.microbiome-bigdata.com/CRISPRimmunity/index/
كود المصدر لتحليل الدُفعات: github.com/HIT-ImmunologyLab/CRISPRimmunity
الاقتباس: طور الفريق أداة CRISPR مع منصة تصور البيانات الضخمة لتحرير الجينوم وتعديله (2023 ، 19 يونيو) تم استرجاعها في 19 يونيو 2023 من https://phys.org/news/2023-06-team-crispr-tool-big-visualization. لغة البرمجة
هذا المستند عرضة للحقوق التأليف والنشر. بصرف النظر عن أي تعامل عادل لغرض الدراسة أو البحث الخاص ، لا يجوز إعادة إنتاج أي جزء دون إذن كتابي. يتم توفير المحتوى لأغراض إعلامية فقط.